In Omega Ruby & Alpha Sapphire zul je, net zoals in vorige titels, tegengewerkt worden door de kwade teams in de Hoenn-regio. In Omega Ruby zal dit Team Magma, en in Alpha Sapphire Team Aqua zijn. Ook al worden deze teams beide op dezelfde plaatsen en momenten bevochten, toch verschillen uiterlijk en achtergrond van deze teams enorm, en zijn er ook verschillen in hun gebruikte Pokémon.
Team Magma
Team Magma wil door middel van de legendarische Pokémon Groudon hun doel, het uitbreiden van het land, bereiken. In Omega Ruby zul je dit plan proberen te dwarsbomen, en Maxie en zijn team te verslaan. In Alpha Sapphire heeft Team Magma een veel kleinere rol. Leden van Team Magma zijn gekleed in rode uniforms, met speciale uniforms voor de Admins Tabitha en Courtney. Qua Pokémon gebruikt Team Magma vooral Fire- en Ground-type Pokémon.
van links naar rechts: Magma Leader Maxie, Magma Admin Tabitha, Magma Admin Courtney, Team Magma Grunts
Team Aqua
Team Aqua daarentegen wil de legendarische Pokémon Kyogre gebruiken om de zeespiegel te doen stijgen, en zo de zeeën te vergroten. Team Aqua is de voornaamste antagonist in Alpha Sapphire, en je krijgt dus ook veel te maken met Archie en zijn Admins Matt en Shelly. Leden van Team Aqua zijn gekleed in blauw gestreepte uniforms, die qua stijl piraat-achtig overkomen, en gebruiken voornamelijk Water-type Pokémon.
van links naar rechts: Aqua Leader Archie, Aqua Admin Matt, Aqua Admin Shelly, Team Aqua Grunts