Pokémon Ruby en Pokémon Sapphire verschenen op 25 juli 2003 in Europa voor de Game Boy Advance. Ruim twee jaar later, op 21 oktober 2005, verscheen Pokémon Emerald.
Een geheel nieuwe verhaallijn, een uitgestrekte nieuwe wereld om te verkennen, plus een keur aan nieuwe en klassieke Pokémon om te vangen, trainen en laten vechten: met Pokémon Ruby en Sapphire komen de dromen van iedere Pokémon-fan uit. De twee versies van hetzelfde avontuur voeren je mee naar de wereld Hoenn, een regio vol steden, grotten, waterpartijen en geheimen. Aan het begin van de game kies je of je als jongen of meisje op avontuur wilt gaan. Vervolgens mag je proberen om de beste Pokémon Trainer te worden die ooit in Hoenn heeft rondgelopen. Aan het begin van je avontuur kun je kiezen uit drie Pokémon om mee te begonnen: Treecko (Grass), Torchic (Fire) en Mudkip (Water).
In Pokémon Emerald moet je de wereld Hoenn beschermen tegen Groudon en Kyogre, de geheimzinnige krachten van aarde en water die de boel willen overnemen. Gelukkig kan Rayquaza, de kracht van de lucht, je daarbij helpen.