Mossdeep City
Met de HM07 Dive die je van Steven kreeg, kun je de onderwaterwereld gaan verkennen. Maar eerst moet de wereld gered worden. Leer Dive aan een van je Pokémon, en Surf naar het zuiden van Mossdeep om op Route 127 te komen.
Route 127
Op deze Route begint de enorme onderwaterkloof van Hoenn, die zich over twee Routes uitspreidt. Als je Dive gebruikt in het midden van de Route, bereik je het noordelijk deel van de onderwaterkloof.
Surf of duik verder naar het zuiden om op Route 128 te komen.
Route 128
In het midden van Route 128 vind je een ring van ondiep water–of een cirkelvormige rotswand, als je onderwater duikt. Onderaan de rotswand vind je de ingang naar de Seafloor Cavern. Ga de grot binnen, en gebruik Dive om weer boven water te komen.
Seafloor Cavern
Loop richting het noorden en gebruik Rock Smash op de rots die je pad blokkeert. Duw vervolgens de rots in de buurt naar boven of beneden met Strength, loop naar rechts en schuif deze rots naar rechts. Ga nu verder richting het noorden en versla de Grunt.
Ga nu naar het oosten en neem de trap naar boven en versla een volgende Grunt.
Loop nu naar het zuiden en ga door de deur. Loop naar het zuidoosten, duw de bovenste rots met Strength naar rechts en de onderste naar beneden en gebruik vervolgens Rock Smash op de rots die je pad blokkeert. Ga door de deur en loop naar he zuiden. Gebruik weer Rock Smash en ga door de volgende deur.
In deze grot ga je naar het noordoosten naar de volgende ruimte. Hier duw je de rots naar boven, loop je naar links en duw je de volgende rots naar rechts. Loop nu naar boven en duw de rots naar boven. Gebruik nogmaals Rock Smash en duw de volgende rots naar rechts. Ga verder richting het noorden en door de volgende deur.
Gebruik hier Surf en ga naar de onderste muur. Surf vervolgens naar rechts over de smallle, rechtsstromende stroom. Blijf rechts aanhouden en je zult naar boven worden geduwd. Ga verder naar boven en je wordt naar links geduwd. Ga nogmaals naar boven en neem de stroom die naar rechts stroomt. Deze duwt je naar de linkerkant aan de bovenkant van de ruimte. Ga vanaf hier naar links en Surf naar de volgende deur.
De kamer waar je je nu in bevindt, ligt barstensvol grote stenen. Duw eerst de onderste twee stenen in de gaten ernaast. Duw dan een van de stenen net boven de gaten helemaal naar het midden, tot hij niet verder kan. De steen die nu recht boven je staat, moet naar onder. Vervolgens kun je de steen in de bovenste hoek in het gat duwen.
Je komt nu Magma Admin Courtney (in Ruby) of Aqua Admin Shelly (in Sapphire en Emerald) tegen die je uitdaagt voor een gevecht.
Als je wilt, kun je de grot verlaten en opnieuw betreden om ook de andere steen in de hoek in een gat te duwen. Daal anders de trappen af naar het noorden en ga de volgende kamer binnen.
Je bent nu bijna aan het einde van de Seafloor Cavern. Volg het pad dat steeds lager gaat, tot je bij een groot gat in de grond komt. Pak de TM26 Earthquake, bereid je voor op een gevecht, en daal dan af naar het gat.
Als je de laatste kamer binnengaat, zie je Maxie en Archie, die zojuist gevochten hebben. Dan daagt hij je voor een laatste gevecht.
Team Magma en Team Aqua vertrekken naar Sootopolis City om de legendarische Pokémon de pas af te snijden.
Spring op een Surfende Pokémon, en Surf naar het noorden richting Route 127. Zodra je daar aankomt, Surf je naar het oosten richting Route 126.
Route 126
In het midden van Route 126 staat een grote berg, met een cirkel van diep water eromheen. Dit is de stad Sootopolis City, die gebouwd is in een krater gevuld met regenwater. Op het wateroppervlak is, naast een aantal Trainers, niet veel te zien, dus duik onderwater met Dive.
Ga naar de ingang van Sootopolis City als je genoeg gespeurd hebt. Deze bevindt zich in het midden van het zuidelijke deel van de Route. Zodra je binnen bent, gebruik je Dive om weer boven water te gaan.
Sootopolis City
Surf naar rechtsboven en ga aan land om bij het Pokémon Center te komen, en genees je Pokémon indien nodig. Surf dan naar links en je komt bij de Mart. Als je genoeg geneesmiddelen hebt, volg je het bruine rotspad naar rechtsboven en ga je de trappen op. Loop dan de volgende twee trappen op, en ga rechts bij de trappen naar beneden. Hier tref je Steven en Wallace. Nadat je met ze gesproken hebt, is het tijd om een legendarische Pokémon te gaan vangen!
Cave of Origin
Loop naar het noorden en ga door de deur in de eerste kamer van de grot. Gebruik Flash om de kamer te verlichten en ga met de klok mee om een trap naar beneden te vinden. Loop hier tegen de klok in naar de volgende kamer. Loop hier wéér tegen de klok in naar de volgende kamer waar je met de klok mee loopt. Vergeet in Ruby en Sapphire niet om HM07 Waterfall te pakken!
In de volgende kamer wacht een legendarische Pokémon in Ruby en Sapphire op je; in Emerald wacht Wallace op je.
Nadat je de legendarische Pokémon hebt gevangen, is het tijd om terug te keren naar Sootopolis City om je laatste Badge te verdienen!
Wallace vraagt aan je waar Rayquaza is waarop je met Sky Pillar dient te antwoorden. Om hier te komen, ga je richting het zuiden vanaf Mossdeep City totdat je niet meer verder kunt. Ga vanaf hier naar het westen en je komt uit op Route 131.
Route 131
Surf naar het midden van de Route en ga richting het noorden. Nu kun je de Sky Pillar betreden.
Sky Pillar
Ga naar de top van de Sky Pillar en bekijk de scène die volgt. Keer nu terug naar Sootopolis City waar je opnieuw een scène moet bekijken. Loop richting de Gym en je zult hier Steven, Archie, Maxie en Wallace zien staan. Praat met Wallace en hij geeft je HM07 Waterfall.
Nu is het tijd om je laatste Badge te verdienen!
Sootopolis City Gym
Om bij de Gym Leader te komen, moet je een aantal puzzels oplossen. Je komt bij plateaus van ijs, en het is de bedoeling om precies één keer over ieder vakje te lopen, en bovenaan te eindigen. Eén misstap, en je valt naar beneden, waar veel Trainers klaar staan. Pas op: hoe hoger je valt, hoe hoger het aantal Trainers dat je tegenkomt!
Bovenaan de trappen wacht de Gym Leader op je. Daag hem uit om de laatste Badge te claimen!
Voor het verslaan van de Gym Leader krijg je de Rain Badge. Hiermee zullen alle geruilde Pokémon je gehoorzamen, en kun je Waterfall buiten gevechten gebruiken. Ook ontvang je TM03 Water Pulse.
Nu je alle Badges in de Hoenn-regio hebt, kun je afreizen naar de Pokémon League om de Elite Four uit te dagen. Maar voordat je dat kunt doen, moet je naar Ever Grande City gaan en Victory Road trotseren.