Pokémon Ultra Sun en Ultra Moon volgen beiden een gelijkwaardige verhaallijn in Alola, maar bevatten toch een aantal verschillen. Zo heeft ieder spel een andere vijand en andere Pokémon, welke je in de ene versie wel kunt vangen en in de andere weer niet.
Exclusieve Pokémon
Net zoals alle voorgaande generaties kennen ook Pokémon Ultra Sun en Ultra Moon exclusieve Pokémon.
Ilima’s Trial
In plaats van de traditionele acht Gyms moet je je in Pokémon Sun en Moon bewijzen door middel van het voltooien van een aantal beproevingen (“Trials”). Aan het einde van iedere Trial staat je een gevecht te wachten met een Totem Pokémon: een extra sterke versie van de normale Pokémon.
Er is echter één Trial waar je versie bepaalt tegen welke Totem Pokémon je op het einde vecht. Dit is Ilima’s Trial, en tevens de eerste die je moet voltooien. In Pokémon Ultra Sun zul je hier moeten vechten tegen een Lv. 12 Gumshoos (links), en in Pokémon Ultra Moon zul je een Lv. 12 Alolan Raticate (rechts) moeten verslaan.
Tijdsverschil
Kenmerkend voor Pokémon Ultra Sun en Ultra Moon is het tijdsverschil. Pokémon Ultra Sun loopt namelijk gelijk met de klok van je DS, terwijl Pokémon Ultra Moon hier 12 uur op voorloopt. Dit houdt effectief in dat het overdag in Pokémon Ultra Sun ook écht dag is, terwijl het dan in Pokémon Ultra Moon nacht is. Omgedraaid geldt natuurlijk hetzelfde. Uitzonderingen hierop zijn de stukken in het spel die om verhaalredenen op een bepaald tijdstip gebeuren.
Dit tijdsverschil heeft ook effect op de games zelf. Sommige Pokémon kun je namelijk alleen tegenkomen als het in de game dag of nacht is. Hetzelfde geldt voor Pokémon die moeten evolueren tijdens de dag of tijdens de nacht, zoals Rockruff.
Ultra Recon Squad
In de loop van het avontuur zal het Ultra Recon Squad ten tonele verschijnen en je uitdagen voor verschillende gevechten. Daarnaast zijn ze ook te vinden in het Ultra Megalopolis, een wereld waarvan het licht is gestolen door Necrozma.
De samenstelling van het team is verschillend per versie. Speel je Pokémon Ultra Sun, dan spelen Dulse en Zossie de hoofdrollen. Speel je Pokémon Moon, dan spelen Soliera en Phyco de hoofdrollen.